1.  ทำให้แมลงสร้างความต้านทานต่อยาฆ่าแมลง  จำเป็นต้องเปลี่ยนยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ๆ หรือใช้ในอัตราที่สูงขึ้น

 

2.  ทำให้ปริมาณของแมลงศัตรูพืช  เพิ่มปริมาณสูงขึ้นกว่าเดิมเนื่องจากศัตรูธรรมชาติ เช่น ตัวห้ำ ตัวเบียน ถูกทำลายไป

 

3.  ทำให้เกิดพิษตกค้างของยาฆ่าแมลงในพืชและสัตว์

 

4.  ทำให้สิ่งมีชีวิตอื่นที่ไม่ต้องการทำลายต้องตายไปด้วย เช่น ปลา นก สัตว์ต่างๆ รวมถึงผึ้งและแมลงมีประโยชน์ชนิดต่างๆ

 

5.  ทำให้เกิดการระบาดของแมลงชนิดใหม่  ซึ่งแต่ก่อนไม่เคยมีความสำคัญ เกิดระบาดเป็นศัตรูขึ้นมาได้

 

6.  ทำให้สมดุลย์ธรรมชาติเสียไป

 

7.  ทำให้สิ่งแวดล้อมเป็นพิษ

 

ผลเสียของยาฆ่าแมลงมีอยู่มาก แต่ผลดีก็มีอยู่ไม่ใช่น้อย เช่น การทำลายของแมลง ทำให้ผลผลิตเพิ่มขึ้น ลดการตายของมนุษย์และสัตว์จากโรคต่างๆ ที่มีแมลงเป็นพาหะนำโรค เป็นต้น ดังนั้นในการป้องกันกำจัดแมลงจึงจำเป็นต้องคำนึงวิธีการอื่นๆ ในการป้องกันกำจัดแมลง  พยายามใช้ยาฆ่าแมลงเฉพาะในกรณีที่จำเป็นและเลือกใช้ชนิดยา ระยะเวลาและสถานที่ให้ถูกต้อง